GMP车间净化原理主要是通过物理过滤和机械通风两种方式来实现空气净化的。
首先，在颗粒物收集方面，主要采用多层次、分等级的集尘装置来不同粒径的微米级粉尘及烟雾等有害物质。例如，对于0.3μm以下的超细粒子，需要使用一级的吸尘器或静电除尘装态才能达到效果；而对于大于120nm以上的超大粒子，则需要利用大功率级别的离心式鼓风机将尘埃吹离工作场所的方式进行去除。其次, 对于有菌要求的工作环境(如制药厂的生产线), 不仅要对大的污染源进行处理（一般由空调系统风淋室来完成），还要防止来自不洁净区域的已经沉积于设备表面的细菌再次进入人体或其他无菌区域。因此要设置二级过滤即"亚"、"中效"，必要时甚至可以加设更高等级的过滤材料以防再悬浮并终沉降下来形成微生物以后再度生长。当含有机挥发物的气体经过时还能同时将其中的活性成分捕获而得以回收或者消耗掉使系统的运行成本大大降低，比如:药剂制造车间的液体自动计量灌装机头罩内的清气只需排到室外空气中就能用于药品生产过程中配液工序的处理等等措施就是为了提高这种的需要是十分必要的举措之一 。
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